透射掃描電子顯微鏡既有透射電子顯微鏡又有掃描電子顯微鏡的顯微鏡，可以將樣品冷卻到液氮溫度，特別適用于觀測蛋白、生物切片等對溫度敏感的樣品。通過對樣品的冷凍，可以降低電子束對樣品的損傷，減小樣品的形變，從而得到更加真實的樣品形貌。
透射掃描電子顯微鏡成像是利用會聚的電子束在樣品上掃描來完成的。在掃描模式下，場發射電子源發射出電子，通過在樣品前磁透鏡以及光闌把電子束會聚成原子尺度的束斑。電子束斑聚焦在試樣表面后，通過線圈控制逐點掃描樣品的一個區域。在每掃描一點的同時，樣品下面的探測器同步接收被散射的電子。對應于每個掃描位置的探測器接收到的信號轉換成電流強度顯示在熒光屏或計算機顯示器上。樣品上的每一點與所產生的像點一一對應。從探測器中間孔洞通過的電子可以利用明場探測器形成一般高分辨的明場像。環形探測器接受的電子形成暗場像。
透射掃描電子顯微鏡的平臺式設計具備了模塊多功能化，最高的穩定性及操作的便捷性，從而提供可靠的最佳成像性能。掃描電子顯微鏡的核心優勢：
1.穩定性更高：牢固的系統機殼、恒定功率物鏡和遠程操作可實現一致使用
2.自動化：多種自動功能(自動電子槍、自動對齊)可提高結果的可重復性和再現性。
3.高質量成像：相機提供大視場，能夠實現高靈敏度、高速度的實時數字縮放。
4.快速更換樣品：強大的真空系統可提供無污染的環境，并在發生氣鎖后快速恢復。
5.數據關聯：軟件用于在無人值守的情況下自動進行多個尺度的大面積采集。
6.冷凍成像：在較低冰晶生長速度下觀察冷凍樣品，并使用EPU軟件自動執行單顆粒分析成像。
