電子顯微鏡（EM）的工作流程涵蓋樣本制備、設備調試、成像及數據分析四個核心環節，每個環節均需精細操作以確保圖像質量。
樣本制備是成像的基礎。透射電鏡（TEM）要求樣本厚度低于100納米，生物樣本需通過戊二醛固定、梯度乙醇脫水及環氧樹脂包埋，再經超薄切片機切成納米級切片；金屬樣本則需機械研磨至微米級后，通過離子減薄或電解雙噴法進一步減薄。掃描電鏡（SEM）樣本需保持表面形態，生物樣本需經固定、脫水、臨界點干燥及噴金處理，以增強導電性。
設備調試需在開機后預熱30分鐘，待儀器穩定后進行。首先調整電子槍使電子束聚焦于樣本，通過光闌控制束流直徑以平衡分辨率與亮度。隨后，旋轉物鏡和目鏡調焦環進行焦距調整，確保圖像清晰；根據樣本特性選擇合適放大倍數，避免過高導致失真。最后，通過調節對比度和亮度優化圖像質量，移動載物臺使目標區域位于視野中心。
高清成像階段，需根據樣本類型選擇成像模式。TEM通過電子穿透樣本形成高分辨率圖像，可觀察細胞內部超微結構；SEM利用二次電子信號呈現樣本表面形貌，適合分析材料表面特征。成像過程中，需實時監控圖像質量，適時調整參數。
數據分析環節，利用專業軟件對圖像進行放大、旋轉、測量及三維重建，提取結構參數與形態特征，為科研提供量化依據。
